15 Temmuz gecesi yaşanan darbe girişiminin ardından bircok kurum ve kuruluşta başlatılan incelemeler doğrultusunda bazı eğitim kurumlarının kapatılmasına karar verilmişti. Bunlardan bir tanesi de yonetici ve akademik personelinin FETO yapılanmasıyla yakın ilişkisi olduğu bilinen Fatih Universitesi olmuştu. Ancak Fatih Universitesi, isim benzerliğinden dolayı oğrenci ve ebeveynler tarafından Fatih Sultan Mehmet Vakıf Universitesi ile karıştırıldı. Yanlış anlaşılma dolayısıyla acıklama yapan Fatih Sultan Mehmet Vakıf Universitesi Rektoru Prof. Dr. Musa Duman, “Fatih Sultan Mehmet Vakıf Universitesi 2010 yılında Vakıflar Genel Mudurluğu tarafından kurulan bir universite. Vakıf universiteleri arasında doğrudan Vakıflar Genel Mudurluğu ’nun kurduğu 2 universiteden biri. Bu anlamda devlet universiteleri arasında yer alabilecek statude bir universiteyiz. 22 Haziran 2016 tarihindeki ucuncu mezuniyet torenimizi ve iftar programımızı da Cumhurbaşkanımız Recep Tayyip Erdoğan ’ın teşrifleriyle gercekleştirmiş idik. Dolayısıyla herhangi bir kişi, grup ya da cemaatle hicbir şekilde irtibatı olmayan bir kurumuz. Son yıllarda isim benzerliği sebebiyle universitemiz bazı kişilerce Fatih Universitesi ile karıştırılıyor. Son gelişmeler sonucunda Fatih Universitesi kapatılmıştır. Artık oğrenci alamayacak. Tanıtım Tercih doneminde cağrı merkezimize Fatih Universitesi ile ilişkimiz olup olmadığı konusunda ve kapatılıp kapatılmayacağımız konusunda cok fazla telefon gelmeye başladı. Bu doğrultuda kamuoyunu aydınlatmak elzemdir.
Fatih Sultan Mehmet Vakıf Universitesi ’nin herhangi bir kişi, grup veya cemaatle ilintili olma durumu soz konusu değildir. Doğrudan Vakıflar Genel Mudurluğu ’nun universitesi olarak eğitimimize devam ediyoruz. Kontenjanlarımızı duyurduk, Olcme, Secme ve Yerleştirme Merkezi ’nin (OYSM) kılavuzunda da yer alıyoruz. Kontenjanlarımız nispetinde oğrenci alacağız ve eğitimimize devam edeceğiz” acıklamalarında bulundu.